निफ्टम ने पीएचडी लॉन्च की है भारत सरकार के नियमों के अनुसार आरक्षण के प्रावधानों के साथ प्रत्येक विभाग में दो छात्रों के सेवन के साथ निम्नलिखित पांच विभागों में से प्रत्येक कार्यक्रम में कार्यक्रम। पीएच.डी. नियम तैयार किए गए हैं और निफ्टम की वेबसाइट पर अपलोड किए गए हैं।

विदेशी नागरिकों के लिए: कुल में 3 सीटें (दक्षिण पूर्व देशों के 1 छात्र और खाड़ी देशों में भारतीय श्रमिकों के वार्ड सहित)।

1. कृषि और पर्यावरण विज्ञान विभाग
2. बेसिक और एप्लाइड साइंसेज विभाग
3. खाद्य इंजीनियरिंग विभाग
4. खाद्य विज्ञान और प्रौद्योगिकी विभाग
5. खाद्य व्यापार प्रबंधन और उद्यमिता विकास विभाग